Heraldo,
Talvez a primeira pergunta seja: "porque você precisaria de um índice que envolveria duas tabelas distintas?"
Se existisse tal tipo de índice, o mais correto de afirmar é que ele seria um tipo de "produto cartesiano". Como você conseguiria normalizar o relacionamento entre duas colunas de tabelas distintas? Como você espeficaria que o "registro 1" de uma tabela precisaria estar associado ao "registro 20012" da outra tabela?
Um índice estará sempre associado a uma tabela e geralmente tem o objetivo de agilizar consultas ou construir regras de integridade dos dados (PK/AK). Se por acaso eu precisar fazer joins de duas tabelas distintas, eu posso optar por criar índices distintos nestas duas tabelas, envolvendo os filtros do join (clausula WHERE).
Não tenho aqui em mãos um exemplo prático, mas se eu tenho duas tabelas que apresentam relacionamentos "muito para muitos", eu posso criar uma entidade intermediária (tabela de relacionamento).
Exemplo:
No exemplo acima, a tabela "A x B" seria composta somente pelas colunas de join entre "A" e "B", e você poderia criar uma "PK composta" (primary key) ou um índice "AK composto" (unique) com estas colunas.
Espero que os foristas possam dar uma explicação melhor para sua dúvida,
Abraços,
Sergio